이미 석기 시대부터 인류는 병이 났거나 부상을 입었을 때 도움이 되는 방법을 찾고, 알아낸 효과 있는 방법을 다음 세대에 물려주려고 했을 것이다.  

적어도 현대 의과 대학의 모습을 갖춘, 인체에 관한 지식을 쌓고 치료법을 배우며 실습 기간을 거친 전문 의료인을 양성하던 유럽 최초의 의과 대학교는 이탈리아의 살레르노(Salerno) 의대로 알려져 있다. 

몬테카씨노 수도원에서는 9세기경에 몸이 아픈 수도사들을 위해 살레르노에 병원을 건립했다. 후에는 배를 타고 항해하던 이들도 이 병원을 찾아왔다고 한다. 항해하던 이들은 환자가 생기면 살레르노 항에 들려 환자가 배 안에서 치료받을 수 있게 했다.

이곳에 세워진 스콜라 메디카 살레르니타나 (Schola Medica Salernitana)라는 이름의 이 학교는 995년에서 1087 사이 이미 의과 대학 비슷한 구조를 갖추고 널리 알려졌다. 

1240년 황제 프리드리히 2세에 의해 당시 신성로마제국에서 유일한 정식 의과 대학으로 인준되었다. 당시 5년 과정 대학의 커리큘럼에는 외과 의학, 해부학이 포함되어 있었고 1년간의 인턴 과정이 있었다. 의사가 되기까지 총 6, 7년의 교육과정을 거쳐야 했다. 

그외에 최초의 의과 대학으로 꼽히는 곳은 볼로냐, 런던, 몽페예(Montpellier) 등이 있다. 의과 대학으로 특히 유명한 곳은 1158년 설립된 볼로냐 대학일 것이다. 이 대학은 파리 대학과 함께 유럽 최초의 대학이라는 타이틀을 가지고 있는데 16세기 파라첼수스가 이곳에서 공부한 곳으로도 유명하다. 볼로냐 대학의 해부학 강의실은 지금도 볼로냐를 방문하는 이들이 한 번은 들리는 곳이다. 

런던의 퀸 매리 의과 대학의 전신은 St. Bartholomew Hospital소속의 Medical College로 1123년 세워졌다. 

남불 Montpellier 의과 대학은 1137년 건립되었다. 16세기초 노스트라다무스도 이 대학을 다녔다고 한다.